Riguardo a sto giochillo per prima cosa consiglio di scaricare il pak128, in pratica un pacchetto di grafica che vi fornisce i tiles (tasselli....i quadratini che compongono la mappa insomma :p) di dimensione 128x128px invece che i 64x64 di base, vi assicuro che è 10 volte meglio.

Per gestire il traffico ferroviario vanno usati i segnali. In pratica i treni si muovono per "blocchi". Un blocco è un tratto di ferrovia compreso tra 2 segnali, o tra un segnale e una stazione. Un treno, a seconda di dove deve andare, controlla se il blocco successivo è libero (non ci sono altri treni), se lo è ci entra e procede, altrimenti attende. Sapendo questa regolina si dovrebbe riuscire a far quasi tutto, poi non ricordo se ci sono altre regole specifiche in alcuni casi.
Nel piazzare i semafori bisogna ricordarsi che ad ogni click il segnale cambia, appena lo si piazza è un segnale a doppio senso, ricliccandoci diventa a senso unico, e al terzo clic è di nuovo a senso unico ma nel senso opposto. Al quarto click torna ad essere a doppio senso. Fa un po' di prove con un tratto semplice.
Io di solito all'inizio faccio una tratta ferroviaria con un binario solo, quando voglio aggiungere un altro treno aggiungo dei tratti corti che si affiancano al binario principale e metto due segnali a senso unico in modo da far stare i treni a destra.
Non s'è capito lo so, casomai ti passo un savefile :p